Nonostante in molti testi si parli esclusivamente di sei cakra + il cakra dei mille petali, in genere nella tradizione Nath se ne enumerano nove: 1. Brahmā Cakra - corrispondente al Mūlādhāra Cakra ; 2. Svādhiṣṭāna Cakra " – “centro di supporto del sé", “la sua propria dimora”; 3. Nābhi Cakra "centro dell'ombelico"; 4. Hṝdayādhāra "centro del cuore"; 5. Kaṇṭha Cakra "centro della gola"; 6. Tālu Cakra "Centro del palato"; 7. Bhrū Cakra – “Centro tra le sopracciglia" non sempre identificabile con ajñā cakra , posto spesso al centro della fronte. 8. Nirvāṇa Cakra che alcuni fanno corrispondere al brahmārandhra e altri ad ajñā cakra 9. Ākāṣa Cakra "centro dello spazio", posto al sincipite per alcuni, sopra la testa secondo altri. Un altro sistema di cakra presente nello Yoga dei Nāth è quello dei cinque maṇ
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